Im Großen und Ganzen dient der Anime als Vorlage, es geht um Ziele und Abenteuer.
Man könnte sagen, die Mainstory des RPGs ist eine Nebenstory zum Anime.
Mit dem Unterschied, dass folgendes Problem offenliegt:
Ein unbekanntes Team - welches später noch ans Licht tritt- hat die legendären Pokemon Mew, Lugia, Kyogre und Darkrai in Gefangenschaft genommen und mit ihren Kräften dafür gesorgt, dass das Wettersystem der ganzen Welt flachliegt.
Mitten im Sommer toben Schnee- und Hagelstürme durch die Städte, die Ernten sind in Gefahr, Pokemon werden as ihrer natürlichen Umgebung gerissen...
Diejenigen, die auf die Spur dieser Gruppe kommen, versuchen mit allen Mitteln sie aufzuhalten...